Japan Airlines sa at det ble rammet av et nettangrep torsdag, noe som førte til forsinkelser på mer enn 20 innenlandsflyvninger, men flyselskapet sa at det var i stand til å stoppe angrepet og gjenopprette systemene sine timer senere.
Det var ingen innvirkning på flysikkerheten, heter det.
JAL sa at problemet startet torsdag morgen da selskapets nettverk som forbinder interne og eksterne systemer begynte å fungere feil.
Flyselskapet sa at det var i stand til å identifisere årsaken som et angrep ment å overvelde nettverkssystemet med massive overføringer av data.
Slike angrep oversvømmer et system eller nettverk med trafikk til målet ikke kan svare eller krasjer.
Angrepet involverte ikke et virus eller forårsaket noen kundedatalekkasjer, sa JAL.
Den sa at fra sent på morgenen hadde nettangrepet forsinket 24 innenlandsflyvninger i mer enn 30 minutter.
Eksperter har gjentatte ganger reist bekymringer om sårbarheten til Japans cybersikkerhet, spesielt ettersom landet trapper opp sine forsvarsevner og jobber tettere med USA og andre partnere med mye strammere cyberforsvar.
Japan har tatt skritt, men eksperter sier mer arbeid er nødvendig.
I juni sa Japans romfartsorganisasjon at de hadde vært utsatt for en rekke nettangrep siden 2023, selv om sensitiv informasjon relatert til raketter, satellitter og forsvar ikke ble påvirket.
Det ble undersøkt for å iverksette forebyggende tiltak. I fjor lammet et nettangrep operasjoner ved en containerterminal ved en havn i byen Nagoya i tre dager.
JALs billettsalg for både innenlands- og utenlandsflyvninger med planlagt avgang på torsdag ble midlertidig suspendert, men gjenopptatt flere timer senere.
Chief kabinetssekretær Yoshimasa Hayashi fortalte en vanlig pressekonferanse torsdag at transportdepartementet fortalte JAL å fremskynde innsatsen for å gjenopprette systemet og for å imøtekomme berørte passasjerer.
Andre japanske flyselskaper, inkludert ANA Holdings, Skymark og Starflyer, ble ikke berørt.
TV-opptak viste at mange passasjerer på Tokyos Haneda-flyplass trangt sammen i terminalene da angrepet rammet feriesesongen ved slutten av året.
Kontorene vil stenge fra denne helgen for nyttårsferien, årets største feiring, når millioner av mennesker reiser tilbake til hjembyene fra byene.
